本系所前身為國立成功大學工商管理學系，創立於民國四十四年，是國內大專院校商學或管理學系中，歷史最悠久的學系之一。民國五十四年，本校工商管理學系開始分為企業管理與工業管理兩組教學，企業管理組偏重行銷管理，工業管理組則偏重生產管理，為本系成立之濫觴。

       民國六十一年，為因應台灣經濟的快速起飛，教育部指示成大工商管理學系分別成立企業管理學系與工業管理科學系；自此，國立成功大學企業管理學系大學部正式成立。

民國七十八年，鑑於台灣產業的不斷升級與管理日趨現代化，本系正式增設企業管理研究所碩士班，並於民國八十二學年度增設博士班，以及在民國八十九年增設企業管理在職碩士專班。

       民國九十三年八月，依當時高強校長、吳萬益院長裁示，本系需與民國八十三年成立之國際企業所開始以一系雙所、但財務與資產各自獨立之模式運作，人事室並核發「國立成功大學企業管理學系暨國際企業所」聘書，以為教學資源整併之啟動，成為含大學部、企業管理碩士班、國際企業碩士班、博士班、與企業管理在職碩士專班在內之一系雙所運作前況。並另於推廣教育，設立企業管理碩士學分班。

       民國一百零四年八月，因前開一系雙所運作模式違背審計體制暨校組織章程，校方終止本系與國企所之一系雙所模式，讓本系回歸獨立運作，並回復本系名稱為「國立成功大學企業管理學系」，人事室再度核發本系「國立成功大學企業管理學系」聘書。目前本系僅招收企業管理大學部、企業管理碩士班、博士班、與企業管理在職碩士專班學生，並另於招收企業管理碩士學分班。